临床上肛周脓肿的药物治疗，主要是抗生素治疗。抗生素临床上选择二代以上的头孢类抗生素以及抗厌氧菌类药物，比如甲硝唑。肛周脓肿在临床上称为直肠肛管周围间隙感染，感染的细菌主要是粪便中的细菌，包括各种革兰氏阳性球菌、革兰氏阴性杆菌以及厌氧菌，二代以上的头孢类抗生素对革兰阴性杆菌以及革兰氏阳性球菌敏感，抗厌氧菌药物在临床上通常使用甲硝唑、奥硝唑或者吗啉硝唑。对于肛周脓肿单纯采用药物治疗通常无法取得良好的效果，需要及时行脓肿切开，将脓液充分排出，联合头孢类，以及抗厌氧菌药物加强抗感染，加强换药，才能够获得良好的效果，演变成慢性肛瘘时需要再次挂线治疗才能获得治愈。