肝内胆管结石不会自愈。临床上如果患者出现肝内胆管结石，并且具有临床症状，需要早日到医院进行诊治。如果患者有手术指征，建议患者及早进行手术治疗。一般采取的手术方式是高位胆管切开取石术。如果患者肝内胆管结石造成某一叶的肝脏萎缩，可以行肝部分切除或者肝段切除。随着微创技术的发展，微创保肝取石术正在逐步推行，这种手术是在内镜下通过胆总管直接到达肝内胆管，然后进行取石。一般可以一次性彻底清除肝内胆管结石，手术在全程可视的内镜下操作，对于患者来说，无痛苦、无创伤、无出血，一次性彻底治愈肝内胆管结石，而且可保留正常的肝组织。如果患者得了肝内胆管结石，术后又出现残余或者复发，患者又留有T管，可以经过T管进行碎石处理。