口腔念珠菌感染主要是局部和全身应用抗真菌药物治疗，以及增加机体抵抗力的治疗。局部的药物治疗包括，可以用2%-4%的碳酸氢钠水溶液，也就是小苏打水进行漱口。用小苏打水漱口以后，使口腔的环境转变为碱性的环境，就可以抑制白色念珠菌的生长繁殖。主要用于治疗婴幼儿的鹅口疮。也可以用龙胆紫水溶液涂布于患处，可以抑制白色念珠菌的生长。还可以用氯已定凝胶进行局部涂布、冲洗，或者含漱。也可与制霉菌素配伍成软膏或者是霜剂，用于局部外用。也可以用西地碘片，每日一次，含化后吞服，也可以局部单纯外用制霉菌素软膏。全身应用抗真菌药物主要是用于成年人，用酮康唑、氟康唑，也可以用增强机体免疫力的治疗，比如用胸腺肽、转移因子。