衣原体肺炎可使用大环内酯类的抗生素，例如阿奇霉素、红霉素、罗红霉素等等，或者是喹诺酮类的抗生素，例如左氧氟沙星、莫西沙星。轻症者可口服给药，重症者需要静脉给药。使用上述药物时要注意药物的副反应以及禁忌证，例如大环内酯类的抗生素常见的副反应有胃肠道的副反应，恶心、呕吐或者是血管刺激的症状，喹诺酮类的抗生素常见的副反应包括血管疼痛、恶心、呕吐、心悸、心前区不适、头晕等等。静点过程中要控制速度，同时喹诺酮类的抗生素年龄小于18岁或者是大于80岁，有癫痫病史时是禁止使用的。