肛门里有两个小疙瘩是由于肛门部位病变引起的，痔疮、肛周湿疹以及肛周脓肿都会导致。最常见的原因是痔疮，痔疮的形成主要是肛门周围发生静脉曲张的原因，尤其是血栓性外痔，经常会在肛门周围出现血栓以及静脉血团，并且会引发肛门部位疼痛症状以及坠胀感。肛周湿疹引起的小疙瘩主要表现在肛门周围皮肤出现丘疹以及小疙瘩，并且引发严重的瘙痒、疼痛。出现肛周湿疹的主要原因是肛门周围长期环境潮湿以及自身内分泌功能失调，除此之外，肛周脓肿会在肛门周围形成肿块，较小的肿块也会出现类似小疙瘩。