胃蛋白酶属于消化液的一部分，人体胃壁的主细胞可以自身合成胃蛋白酶。如果有消化不良或者胃病、胃切除手术，自身分泌减少，可以口服外源性的胃蛋白酶合剂，促进食物的消化吸收。所以常用于治疗消化不良，还用于治疗食用过多的蛋白性食物引起的腹胀、恶心、反酸等症状。慢性胃炎或者萎缩性胃炎、胃癌患者，胃蛋白酶分泌减少，导致叶酸、维生素B12缺乏，或者叶酸、维生素B12吸收减少引起的恶性贫血，所以可以治疗因胃蛋白酶缺乏引起的大叶性贫血。