细菌感染性肠胃炎发病后使用抗生素能将腹泻总时长缩短约一天半，喹诺酮类比如诺氟沙星或左氧氟沙星是首选药物。对于水样泻比较明显的患者，在适当补液和抗生素治疗前提下，如果怎样水样泻症状仍然明显，可以考虑使用蒙脱石散，必要时可以用洛哌丁胺，洛哌丁胺能够迅速减少排便次数，但是腋温大于38.5℃或排血便时不宜使用。

　　对腹痛明显者可以使用抗胆碱能药，比如盐酸山莨菪碱对症治疗。口服补液盐可以用于补充液体丢失，必要时可进行静脉补液。如果是寄生虫引起的腹泻，常见感染的寄生虫是肠道贾第鞭毛虫，可以选择甲硝唑、替硝唑来进行治疗。