肛瘘患者在发病的早期以及晚期的表现有着明显的区别，在肛瘘患者发病的早期自身身体没有明显的体征，部分患者会断断续续的出现流脓的现象，并且当脓液在管腔内出现引流不畅的时候，还会在肛门周围出现肿块大多呈现出条状的分布，用手按压时会有疼痛的感觉。在肛瘘患者发病的晚期，肛门部位瘙痒以及疼痛的症状会表现得尤为明显，脓液的流出量会明显的增加，患者在肛门周围皮肤上还会出现明显的湿疹现象。当肛瘘发展到晚期时患者会出现一系列的全身症状，包括排便困难、便血量增多以及体温升高的现象。